全基因组关联分析(Genome-wide association study)是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异,即单核苷酸多态性(SNP),从中筛选出与疾病相关的SNPs。并对其进行注释以及可视化。
基因组测序服务介绍: 基因组测序可分为全基因组测序、外显子测序、目标区域测序。
1、全基因组测序:利用高通量测序平台对人类不同个体或群体进行全基因组测序,并在个体或群体水平上进行生物信息分析。可全面挖掘DNA水平的序列差异和结构变异,并在全基因组水平上扫描并检测与表型差异、疾病、进化等相关的突变位点。为筛选疾病的致病及易感基因,研究发病及遗传机制提供重要信息。
2、外显子测序:利用探针杂交富集外显子区域的DNA序列,然后进行高通量测序研究基因组。是一种选择基因组的编码序列的高效策略,外显子测序相对于基因组重测序成本较低,对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势。
microRNA靶基因预测 microRNA可以通过与mRNA结合的方式,起到降解mRNA或抑制mRNA翻译的作用。microRNA靶基因预测分析通过整合多个数据库的信息,预测差异表达microRNA可能结合的靶基因。 本研究服务与测序公司或芯片公司提供的基础的靶基因预测不同(通常采用一些常规的miRNA数据库进行预测),我们会结合芯片或测序的结果,以及作者提供的样本的生物学特征,以及梅斯医学独有的预测和分析技术,为客户提供具有高价值的预测结果,有助于开展下一步临床工作。
表观遗传学服务介绍: 表观遗传学服务可分为全基因组DNA甲基化测序和ChTP-seq。
1、全基因组甲基化测序:将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,进行全基因组内精确的甲基化研究,可以打到单碱基分辨率,精确分析每个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。
2、通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
转录组测序服务介绍:转录组测序可分为mRNA测序、lncRNA测序、circRNA测序、miRNA测序。
1、mRNA测序:对特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,即可研究已知基因,也能发掘新基因。
2、lncRNA测序:lncRNA是长度超过200nt的长链非编码RNA,通过与DNA、RNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。lncRNA测序主要分析研究细胞或组织在某个特定时期转录出的所有lncRNA和mRNA。
3、circRNA测序:circRNA是最近新发现的一类特殊的非编码RNA,其独特的环状结构使其能够逃逸RNAse酶的降解,具有很强的胞内稳定性。